O projeto de Governança do MUF estrutura-se em três pilares de atuação: Patrimônio, Redes e Projetos Culturais e deve alcançar toda a extensão de seu território-sede.

Foram mapeados 10 subterritórios ou setores museais, que se distinguem pelas suas memórias e cultura de povoamento. São muitas as responsabilidades até o alcance da musealização integral de um território vivo e habitado e da missão de transformar o museu num monumento cultural carioca sobre modos de vida em favela, com geração de trabalho e renda para moradores.

O museu busca dispor de recursos para implantar essa estrutura, mas ela já orienta a governança exercida pelos atuais diretores do museu.